Los expertos piden una base de datos mundial de ADN para ayudar a la vigilancia de enfermedades

Los científicos instan a los funcionarios del gobierno a considerar ayudar a desarrollar una base de datos internacional para compartir y analizar secuencias de ADN.

Dicho sistema es una plataforma para almacenar datos de secuenciación del genoma completo (WGS por sus siglas en iglés) en los genomas completos de microorganismos investigados como bacterias, virus y parásitos, proporcionando una rápida caracterización y opciones de tratamiento de dichos organismos cuando se detectan en pacientes enfermos o alimentos.

En los Estados Unidos, los Centros federales para el Control y la Prevención de Enfermedades trabajan con los estados para recopilar secuencias de patógenos en la base de datos PulseNet. La cual ha recibido el reconocimiento por ser de gran ayuda para detectar brotes de contaminación y ser una herramienta de ayuda en las investigaciones.

Más de 250 científicos y expertos de 40 países se reunieron en la Universidad Tecnológica de Nanyang en junio para discutir estrategias para combatir las enfermedades transmitidas por alimentos y los brotes de intoxicación alimentaria. La 12ª reunión de la conferencia de Identificación Microbiológica Global (GMI por sus siglas en inglés) organizada por el NTU Centro de Tecnología de los Alimentos.

Aprovechar la oportunidad

Joergen Schlundt, profesor de Ciencia de los Alimentos en el Centro de Tecnología de Alimentos de la Universidad Tecnológica de Nanyang (NAFTEC), dijo que el GMI sugirió que se creara dicha base de datos, pero para que ello sea realidad es necesario un acuerdo político entre todos los países.

“Creo que la conclusión principal es que muchos científicos y técnicos ven una gran oportunidad para que los científicos y los países trabajen juntos para construir ciencia en esta área microbiológica con la nueva tecnología porque esta es una de las primeras veces en que si conectamos a todos nuestros datos juntos en una o varias bases de datos grandes, los investigadores de todo el mundo se beneficiarán de eso”, dijo al portal Food Safety News.

“Si el sistema funcionara, la salud pública, animal y vegetal se beneficiaría porque terminaría teniendo un sistema que siempre podría responder cuál es el microorganismo que esta buscando, cuál es el nombre, de dónde viene, cómo puede tratarlo y quizás también si está causando brotes de contaminación transmitidos por alimentos.

“Es un gran recurso que podríamos construir si así lo quisiéramos, técnicamente no es un gran problema, pero necesitamos que los países discutan si tiene sentido, si quieren compartir sus datos y si quieren financiarlos colectivamente”. El uso óptimo depende de las políticas y la voluntad y la capacidad de los países para compartir secuencias genómicas a través de las fronteras y en tiempo real”.

Ya existen bases de datos sobre secuencias de ADN, como las del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) y el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), pero Schlundt mencionó que estas bases de datos son pasivas.

“ Este sería un sistema activo que le daría una respuesta tan pronto como envíe su secuencia. Entonces tienes tu microorganismo, lo pones a través del secuenciador, obtienes una secuencia de cuatro millones de letras en un archivo Excel u otro, la envías a la máquina y cinco minutos después te dará la respuesta, así que es como utilizar el buscador de Google. La respuesta es la especie, el subtipo y la resistencia del microorganismo y podría haber otra información adicional”.

Mejorar la respuesta ante un brote de contaminación

Compartir los resultados de la secuencia permitiría la detección temprana de amenazas emergentes y la identificación, investigación y prevención rápidas de brotes de tiempo real de enfermedades animales y humanas y los riesgos de seguridad enfermedades nacionales, regionales y globales. El acceso equitativo y la implementación de dicha tecnología de secuenciación entre países podrían reducir la carga mundial de enfermedades al permitir la vigilancia en alimentaria.

Schlundt dijo que si la mayoría de los países adoptara la idea, entonces habría un sistema de vigilancia en tiempo real estandarizado casi perfecto para las enfermedades.

“Podría haber un brote de origen alimentario en varios países europeos diferentes y es el mismo subtipo de Salmonella typhimurium, el sistema vería que el que está en Berlín es la misma cepa que está en Marsella y Roma para que pueda vincularlos a todos. Están comenzando a hacer algo así en los Estados Unidos con su sistema, por lo que encuentran muchos más brotes nacionales que antes porque usaron este tipo de metodología”.

La privacidad y el anonimato de los datos podrían protegerse ya que ya hay formas de separar los metadatos de los cuatro millones de letras que es la secuencia.

“En ese sistema donde puedes entrar y mirar, no puedes ver este número de cepa, ni ningún detalle sobre el paciente, o el animal o la comida de donde proviene. Eso estaría oculto. Solo podría obtener esos metadatos a través de una ruta especial, por ejemplo, si hubo un brote. Por lo tanto, habría salvaguardas contra las preocupaciones de privacidad en relación con el paciente individual, etc.”, dijo Schlundt.

Cartas enviadas a agencias de todo el mundo

Una de las razones por las que se fundó el GMI fue para incluir a los países en desarrollo en discusiones sobre nuevas técnicas y tecnología.

Schlundt dijo que la organización envió cartas en 2018 a 186 países para impulsar esa base de datos y obtuvo respuestas de 15 de ellos.

“A principios de 2019 enviamos una segunda ronda de cartas a 30 países, tuvimos respuesta de 15 países y algunos otros países que conocemos están interesados en esta área. De esa segunda ronda, hemos recibido seis o siete respuestas. No entran en detalles, pero la mayoría dice que está de acuerdo en que es un tema importante y que es necesario que haya discusiones internacionales al respecto “, dijo.

“Tenemos grandes esperanzas de que Francia, Alemania o los Estados Unidos lo mencionen en la convención del G20 respecto a la salud.

Si quieres tener un gran movimiento en cosas como esta, necesitas involucrar a los estados de las naciones. Todo se basa en un acuerdo de que se cuenta con el interés de compartir estos datos y que tiene que ser una discusión intergubernamental, no puede ser solo entre científicos”.

GMI seguirá presionando sobre el tema a través de los países “amigos” y las organizaciones internacionales, dijo Schlundt, pero aunque le gustaría que ocurriera en los próximos años, puede llevar décadas.

“En mi opinión, las organizaciones internacionales deberían tomar su propia iniciativa al respecto. La Organización Mundial de la Salud (OMS) especialmente pero también la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO). Están de acuerdo con nosotros pero no lo están buscando activamente. Tenemos que confiar en los Estados miembros que podrían estar interesados en esto como un gran potencial para la salud pública y toda la microbiología”.

Fuente: www.foodsafetynews.com